On parle du Congé de Longue Maladie lorsque le fonctionnaire ne peut assurer ses fonctions et doit cesser son activité en cas de maladie. Les dispositions statutaires dressent la liste des maladies concernées (voir le texte officiel pour retrouver la liste) allant de l’insuffisance respiratoire chronique grave aux maladies invalidantes de l’appareil digestif… La période accordée est de 3 ans maximum (par période de 3 à 6 mois).

Le Congé de Longue Durée est de 5 ans maximum (et est accordé par périodes de 3 à 6 mois) bénéficie aux fonctionnaires titulaires et stagiaires atteints des maladies suivantes : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis. Un seul CLD sera accordé à un fonctionnaire au cours de sa carrière par affectation.

Le Congé pour Invalidité Imputable au service est délivré lorsque le fonctionnaire territorial est victime d’un accident de travail, de trajet (pour se rendre sur son lieu de travail, par exemple) ou d’une maladie professionnelle. Le CITIS se termine lorsque l’agent est capable de reprendre ses fonctions ou jusqu’à sa retraite. Son traitement indiciaire, son indemnité de résidence et son supplément familial de traitement restent identiques. L’agent peut avoir à prouver que son invalidité est liée au service si elle ne fait pas partie du tableau des maladies professionnelles prévu par la loi et la sécurité sociale.

Le fonctionnaire en activité peut bénéficier d’un congé maladie (ordinaire, longue durée ou longue maladie) si une maladie ou un accident l’empêche d’exercer son activité. Pour cela, il doit fournir un certificat d’arrêt de travail à son administration dans les 48h. Selon les dispositions statutaires en vigueur, le Congé Maladie s’adresse de manière identique dans les différentes Fonctions Publiques (territoriale, hospitalière et d’État).

La demande d’un Congé Longue Maladie ou Longue durée se fait à l’administration de l’agent avec un certificat médical. C’est le médecin traitant de l’agent qui s’occupe d’envoyer ses observations ainsi que d’éventuelles pièces justificatives.  Une contre-visite peut être demandée.

En tant que fonctionnaire, la durée de votre congé maladie dépend de sa nature. Pour le Congé Maladie Ordinaire, elle est de 12 mois maximum, 3 ans  pour le Congé de Longue Maladie et 5 ans pour un Congé de Longue Durée.

Dans la Fonction Publique, pour le Congé de Maladie Ordinaire, la rémunération est à 100%  pendant 3 mois, puis 50% pendant 9 mois. Cette réduction de rémunération concerne le traitement indiciaire brut, les primes et les indemnités. Certains éléments de son indemnisation sont maintenus dans leur intégralité : indemnité de résidence, supplément familial de traitement, indemnités liées au changement de résidence…

Concernant le Congé de Longue Maladie, la rémunération est à 100% pendant 1 an et passe à 50% pendant 2 ans.

Lors d’un Congé de Longue Durée, la rémunération reste à 100% pendant 3 ans et passe à 50% pendant 2 ans.

Enfin, pour un Congé pour Invalidité Imputable au Service, l’agent conserve intégralement sa rémunération jusqu’à la reprise de ses fonctions.

Le Congé Maladie n’a aucun effet sur l’évolution professionnelle  de l’agent de la Fonction Publique (échelon, grade et retraite). En plus, il bénéficie d’un report de ses congés annuels non pris et ses droits au congé maternité ou adoption, congé pour formation professionnelle, congé de citoyenneté… restent inchangés.

Si l’agent est stagiaire, la durée du stage peut-être reportée au-delà d’un certain temps.

Lors du Congé Maladie, le fonctionnaire peut être soumis par son employeur à une visite de contrôle par un médecin agréé et, au-delà de 6 mois d’arrêt, il sera convoqué au moins 1 fois à un examen de contrôle. En cas de refus pour ces examens, il risque de ne plus être rémunéré. Il a également l’obligation d’informer l’administration de tout changement de résidence pendant son arrêt de travail.

L’agent territorial arrive en fin de droits au Congé Maladie ; il ne pourra reprendre ses fonctions  à la fin de son congé maladie que sur avis favorable du comité médical. Il a alors l’assurance de retrouver son poste ou équivalent ou de bénéficier d’une adaptation de son poste au besoin. S’il refuse en dépit d’un avis favorable, il peut être licencié. Un avis défavorable ? Il peut être mis en disponibilité, être reclassé, mis à la retraite pour invalidité ou être déclaré inapte à l’exercice de tout emploi.

En cas de Congé pour Invalidité Imputable au Service, l’agent peut également se voir affecter une place dans un autre emploi de son administration à grades équivalents.

Seuls les agents contractuels peuvent être reclassés ou licenciés s’ils sont jugés inaptes à reprendre leurs fonctions à l’issue du congé.

Il existe un jour de carence pour le congé maladie ordinaire qu’il soit titulaire ou contractuel. À ce titre, sa rémunération reprend dès le second jour de son arrêt de travail. En revanche, il n’y a pas de jour de carence pour les congés invalidité temporaire imputable au service, congé de longue durée et congé longue maladie.

Avant le 1er juillet 2020, les fonctionnaires pouvaient toucher une indemnité lors de leur congé maladie ou accident (rémunéré à demi traitement)  si leur rémunération journalière était moindre par rapport aux indemnités journalières de la Sécurité Sociale. Attention toutefois, cette indemnité n’existe plus depuis cette date !

Les fonctionnaires peuvent bénéficier d’un mi-temps thérapeutique ou temps partiel thérapeutique (entre 50% et 90% du temps de travail,) relatif au décret en vigueur, dès lors que cet aménagement favorise une reprise des fonctions  ou qui permet un aménagement de poste pour des soins, par exemple. Il est accordé par tranches de 3 mois à la fois et limité à 1 année par même affectation.

En tant que stagiaire du régime de la Fonction Publique, l’agent peut bénéficier du CMO. S’il ne peut prétendre à un CLM, il pourra profiter d’un congé non rémunéré pendant 1 an maximum (renouvelable 2 fois). Si l’état de santé du stagiaire ne s’améliore pas suite à ce congé et qu’il est reconnu inapte, le stagiaire peut être licencié.

Chez les contractuels de la fonction publique, comme stipulé par les décrets en vigueur, le Congé Maladie est rémunéré selon l’origine de l’arrêt de travail (maladie professionnelle ou non) et selon leur ancienneté. En revanche, contrairement aux titulaires, les contractuels n’ont pas le droit au Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS).